中华临床医药学会支持医学科学基础研究，面向临床实用，提倡共享、包容，人文的医学学术期刊风格。从一九九七年起，中华临床医药学会通过与国内外多家组织、机构合作，主办出版了近三十种医学学术期刊，涵盖临床医学、药学、中医学及医院管理、医学影像学等多个专科领域。英文杂志《Journal of Chinese Clinical Medicine》（中华临床医学杂志英文版）读者、作者遍布世界各地，期刊被美国化学文摘，波兰哥白尼文摘等国内外期刊数据库全文收录，影响因子较高。英文杂志《Chinese Journal of Sexually Transmitted Infections》（中华性传播感染杂志英文版），中文杂志《中华现代医院管理杂志》在其专业学术领域都具有较高影响力。《中华中西医杂志》是俄罗斯文摘和美国化学文摘全文收录期刊，《中华医学研究杂志》、《中华医药杂志》、《中华现代外科学杂志》被美国化学文摘全文及国内外各大期刊数据库收录。